徐世昌下野后，曹錕、吳佩孚率直系督軍聯名通電要求黎元洪"依法復位"。黎元洪表示同意，6月11日入京供職，6月14日下令撤銷1917年6月12日"解散國會令"。8月1日，舊國會議員召開會議，正式恢復國會，實現了直系的所謂"法統重光"。
然而，同其他軍閥集團一樣，直系獨掌*之后，首領曹錕和吳佩孚之間的矛盾立即表露出來，形成了以曹為首的保（定）派和以吳為首的洛（陽）派。兩派在制憲和選總統問題上斗爭激烈。而內閣傾向洛派，深為保派不滿。為了推倒王寵惠內閣和驅逐黎元洪，使曹錕早日當上總統，1922年11月18日，在保派慫恿下，傾向保派的眾議院議長吳景濂和副議長張伯烈揭發財政總長羅文干擅自與華義銀行代理人羅森達、格索利簽訂奧國借款展期合同，換發新債票，使國家財產遭受5000萬元損失一事，逼迫黎元洪親下手諭，命令步兵統領聶憲蕃、京師警察總監薛之珩帶兵逮捕了羅文干，解送法庭處理。后在吳佩孚的干預下，也因證據不足釋放。羅文干案件導致了保洛兩派矛盾激化，吳佩孚最終屈從了曹錕，王寵惠內閣也于11月29日倒臺。
1923年初，黎元洪已快滿任期，曹錕本來再等幾個月，也能順利坐上總統寶座，但他急不可耐，想趕走黎元洪。黎元洪雖是個毫無實權的傀儡總統，但也不甘被人趕下臺，所以聯系張紹曾內閣及政學系議員與曹錕對抗，不肯下臺。5、6月間，直系保、洛兩派取得一致意見，提出"擁曹必先驅黎，驅黎必先驅張"。先由親直系的閣員高凌尉、吳毓麟、程克先拆內閣的臺，使張紹曾內閣不得不于6月6日全體辭職，張紹曾當晚被趕往天津。緊接著，曹錕便親自導演了一場"逼宮奪印"戲。
6月8日，馮玉祥部張之江率軍官數十人佩刀闖入新華門，圍住居仁堂，向大總統索要欠餉。9日上午，曹錕黨徒又慫恿警察罷崗，撤走總統府衛隊。10日下午，又有中級軍官三百余人到黎府索要欠餉。接著，"市民請愿團"、"國民大會代表"約千余人手持"黎元洪退位"的旗幟呼喊而來。12日，黎府又出現軍警代表、"公民團"代表輪番示威騷擾。黎元洪明知是曹錕要趕他下臺，卻堅持不走。但不久黎宅斷了水、電，黎元洪大怒之下，決定離開北京。他把總統的大小印信十五顆拿出來，十顆留在公府，五顆送去交給他那住在法國醫院的危氏如夫人，并作了其他一些最后交代。13日下午，黎元洪乘專車離開北京。
曹錕得知黎元洪拿走了總統印信，急令直隸省長王承斌截車奪印。黎元洪的專車到達天津新站后，王承斌率領的大批軍警便包圍了專車，卸下車頭，迫黎元洪交出印信。黎元洪被逼得拔槍自殺，被隨員搶救沒有打中要害。到了晚上，黎元洪無可奈何，只得說出實情，曹錕終于在14日清晨取回總統印信，才放走黎元洪。經過這場恥辱和劫難以后，黎元洪仍不甘心就此退出政治舞臺，后還在天津、上海等地活動，試圖東山再起。但不久也感到大勢已去，回天無力，便隱居天津張園，從事工商業活動，擔任中興煤礦董事長等。1928年6月3日，因患腦溢血去世，享年64歲。
再說曹錕，指使直系軍閥鬧餉、逼宮、截車、奪印、趕走黎元洪的種種暴行，激起了全國各界的反對。但曹錕對此全然不顧，為當總統一意孤行。他以40萬元的高價收買了國會議長吳景濂，為他在國會選舉中出謀出力，又以高價收買和脅迫國會議員來京參加國會選舉，并派專人在北京宣武門外設立暗察處，對議員進行監視。1923年9月10日，國會開預選會議，曹錕以五千至一萬元一張選票收買了五百多名議員。10月5日舉行正式選舉，曹錕派遣大批軍警、憲兵"警戒"。原定十點鐘開選，但到上午十一點四十分簽到者也不過400多人，不足法定人數，選舉會議主席吳景濂急得團團轉，派出可靠議員分頭去拉同黨、同鄉的議員，而已簽到者已失出自由，不得外出。直到下午一點二十分，簽到者達593人，這才搖鈴開會投票，四點鐘選舉完畢，曹錕終于以480票"當選"為大總統，10月10日宣布就職。這次選舉共支賄款1350余萬元，因此，時稱曹錕為"賄選總統"，國會是"豬仔國會"，議員是"豬仔議員"，在民國史上留下了丑惡的一頁。
曹錕"當選"總統后，為鞏固地位，一邊竭盡全力擴大勢力，將所有親信均以封官晉爵，給直系諸將論功行賞，一邊利用職權聚斂財富，使得百姓苦不堪言。由于他臭名昭著，民心喪盡，不僅遭到全國人民的唾棄和反抗，就是各地軍閥也不聽從他的號令，相互爭斗，搶占地盤。
第一次直奉戰爭之后，直系內部已經存在保定、洛陽兩派，曹錕當總統以后，兩派因爭權奪利矛盾日深。吳佩孚居功自傲，自稱是曹錕的長子，言外之意是遲早要取而代之。吳佩孚還把馮玉祥、王承斌等人的地盤和兵權也奪了去，因此，直系內部又形成了馮玉祥、王承斌、齊燮元結合起來的反吳三角聯盟。直系外部以孫中山為首的廣東政權，為實行北伐，采取了分化北洋軍閥集團，聯合皖、奉共同討直的策略，形成了粵皖奉反直三角聯盟。這兩個三角聯盟搞得曹錕焦頭爛額。
1924年9月3日，江浙戰爭爆發，皖系盧永祥與直系齊燮元交戰（詳見第二章第五節）。9月5日，孫中山下令*曹、吳。作為反直三角聯盟之一的奉系張作霖也率軍入關為助，隨即爆發了第二次直奉戰爭。9月15日，曹錕接到奉天發來的挑戰書，立即電召吳佩孚進京，下令*張作霖，任命吳佩孚為討逆軍總司令。9月18日，直、奉兩軍在山海關一線正面接觸，展開連日激戰，雙方投入20萬以上兵力，均出動了海、空軍參戰，戰爭規模是近代軍閥混戰史上空前的。
討逆軍第三軍總司令馮玉祥，受命率部出古北口經灤平、承德向北進軍。馮玉祥早已和吳佩孚矛盾激化，已有意倒戈反直。10月21日，馮玉祥乘吳佩孚與張作霖在前方酣戰之時，將所率部隊后隊改為前隊，由李鳴鐘、鹿鐘麟率領，晝夜兼程140里，沿途割斷電線，封鎖消息。22日午夜，在負責戍守北京的孫岳配合下，一槍未發，迅速占領了北京城，發動了北京政變。鹿鐘麟派一營士兵包圍了總統府，將還在睡夢中的曹錕抓了起來，囚禁在中南海延慶樓上。
馮玉祥發動北京政變，軟禁曹錕后，第一件事是將曹的一個佞幸李彥青槍斃，實際上是為了奪取他的巨額財產。不久又要曹銳去見他，曹銳不愿受辱，馬上服毒而死。11月2日，王承斌到公府逼曹錕辭職。曹錕只得向國會提出辭職咨文，由新任的黃郛內閣攝行總統職權。曹錕看到前來逼他下臺的人就是一年前截車奪印，捧他上臺的干將王承斌時，不禁酸甜苦辣，百感交集。11月25日，段祺瑞被馮、奉捧為臨時執政，不久，即下令將曹錕"著內務、陸軍兩部嚴行監視，聽候公判"，實際是將曹錕保護起來。
1926年春，張作霖、吳佩孚聯兵攻擊馮玉祥。馮玉祥被迫通電下野，所部國民軍交由張之江、鹿鐘麟率領。鹿鐘麟為分化直奉聯盟，恢復了曹錕的自由，電請吳佩孚入京主持大計。曹錕也派人轉告吳佩孚，想出來再當總統。吳佩孚拒絕曹錕的要求，復電命張之江、鹿鐘麟同時下野。張、鹿獲電后率部退出北京。
曹錕恢復自由后，還想恢復總統職務，派人到漢口找吳佩孚，但吳不予支持。曹錕只好在當年5月1日通電發表補行辭職宣言，聲稱"因病辭職"。不久，曹錕離開北京，移居保定，又移居鄭州。他曾企圖利用吳佩孚到鄭州車站迎接他時，將吳殺掉，自為主帥，布告天下，但終因感到力不從心而放棄此計劃。
1927年2月，國民革命軍北伐至河南，曹錕逃往天津，此后長期寓居天津英租界，過著休閑的生活。
對曹錕的評價，歷來不好。但也不可一概非之。
他任總統時，親信吳毓麟等人想借駐倫敦公使的人選問題，向外長顧維鈞施加壓力。雙方爭執不下，吳毓麟就請曹錕出面，曹錕正色道："老弟，你什么時候開始學的外交？因為我們不懂外交，才請顧先生來作外交總長。顧先生對外交有經驗，你們憑什么干預？"顧維鈞在*里寫道：曹錕雖然從未受過學校教育，卻是個天生的領袖。